La controversia de Valladolid fue un célebre debate que tuvo lugar en 1550 y 1551 en el Colegio de San Gregorio de Valladolid, dentro de la llamada polémica de los naturales (indígenas americanos o indios), y que enfrentó dos formas antagónicas de concebir la conquista de América. Se confrontaron las tesis de los defensores de los indios representadas por Bartolomé de las Casas, y las de Juan Ginés de Sepúlveda, que defendía el derecho y la conveniencia del dominio de los españoles sobre los indígenas, a quienes además concibe como naturalmente inferiores.
Las tesis lascasianas estaban muy influenciadas por la Escuela de Salamanca. Varios en esa Junta (Soto y Cano) eran discípulos de Francisco de Vitoria, muerto cuatro años antes, en 1546. El debate de Valladolid sirvió para actualizar las Leyes de Indias y crear la figura del «protector de indios».
Carlos I de España, el hombre más poderoso de su tiempo paró varios años la conquista para dirimir si lo que estaban haciendo en las Indias era correcto o no.
Surgió de esta disputa el moderno derecho de gentes (ius gentium). El debate generado y la cuestión del trato que recibieron los amerindios son un claro precedente de los derechos humanos.
El prestigioso hispanista John Elliott habla de la Controversia de Valladolid en su obra Imperios del mundo atlántico de esta manera:
«La campaña de Las Casas y sus hermanos dominicos en defensa de los indígenas fue lo bastante poderosa como para persuadir a Carlos V, con la recomendación del Consejo de Indias, para que ordenara en 1550 que todos los planes de expediciones de conquista en el Nuevo Mundo se suspendieran hasta que una junta de teólogos se hubiera pronunciado sobre las cuestiones morales implícitas. Ésta, convocada en Valladolid en septiembre de 1550 y otra vez reunida en mayo de 1551, consideró los argumentos opuestos de Las Casas, obispo de Chiapas, y Sepúlveda, capellán del emperador, quien carecía de un conocimiento directo de los indios americanos pero había afirmado su inferioridad natural en el tratado Democrates secundus basándose en su lectura de Aristóteles. Era esta inferioridad, en opinión de Sepúlveda, lo que justificaba hacerles la guerra. Los jueces, sin duda apabullados por los cinco días que duró la lectura del desmesuradamente largo tratado de apología a favor de los indios que Las Casas había escrito en latín, nunca llegaron a pronunciar su veredicto. Aunque fracasaran en su propósito principal de mejorar la posición social y las condiciones de vida de los indígenas, Las Casas y sus partidarios lograron crear un clima moral en el que la corona se vio forzada a recordar su obligación de defenderlos contra sus opresores y de hacer cuanto pudiera para aliviar su suerte.»
Para terminar compartimos la película francesa para TV, La controverse de Valladolid, del año 1992 dirigida por Jean-Daniel Verhaeghe